После некоторого времени пребывания в Берлине, Дрездене и нескольких городах Швейцарии, в 1844 г. он переехал в Париж, где познакомился с французскими социалистами и некоторыми русскими эмигрантами. В это время на него особенно сильно повлияли идеи Прудона. В результате призывов Бакунина к революции у него на родине и созданию республиканской федерации всех славянских стран, Николай I выпустил указ о лишении его всех гражданских и имущественных прав и дворянских привилегий, приговаривая его к пожизненной ссылке в Сибири, если он когда-либо вернется в Россию. Во время революции в Дрездене его арестовали, приговорили к смертной казни и приковали цепью к стене, что продолжалось более года, после чего его вернули в С-Петербург, где он был посажен в одиночную камеру. Здесь по настоянию царя он был вынужден написать свою знаменитую Исповедь революционера. В 1957 г., когда его здоровье стало совсем слабым и он был близок к самоубийству, его семья добилась замены одиночного заключения ссылкой в Сибири, из которой он бежал, переправившись через р. Амур. Через несколько лет он объехал Европу и организовал Fraternite Internationale революционеров-единомышленников. Свои последние годы он провел в нищете и болезнях. Его друзья сообщали о том, что тюремные заключения и нахождение в ссылке нанесли непоправимый удар его здоровью. Он умер в Берне в возрасте шестидесяти двух лет.