Большая часть работы Кондратьева в Конъюнктурном институте
состояла в сборе точной статистической информации по сельскохозяйственному
сектору экономики, включая отраслевые условия торговли, с которыми сталкивались
крестьяне - так называемые "крестьянские индексы". Такие индексы давали
детальную информацию о ценах на потребляемые крестьянскими хозяйствами товары и
продажных ценах на производимую ими продукцию, они были построены как в целом
для Советского Союза, так и для регионов с различными типами хозяйств. Эти
индексы показали, что относительные цены на продукцию аграрного сектора, то есть
отношение стоимости сельскохозяйственной продукции к стоимости приобретаемых
крестьянством товаров, снижались на протяжении 20-х годов. Детальное знание
аграрного сектора позволило Кондратьеву в 1923 - 1924 гг. разработать план
первой пятилетки развития сельского хозяйства, предложив меры, которые позволяли
не взваливать чрезмерного бремени на крестьянские хозяйства.
В 1919-1928 гг. Кондратьев работал над теорией длинных волн..
Возможно, его интерес к длинным волнам был вызван Туган-Барановским, которого
Кондратьев считал "величайшим русским экономистом всех времен". Кондратьев
впервые сформулировал свою теорию длинных волн в 1922 г.. Первоначальная
рукопись была "утеряна" советским издательством в 1921 г., но была восстановлена
по черновикам. Все доказательства были получены исключительно на основе анализа
ценовых тенденций и сформулированные выводы были крайне осторожными - "Мы
рассматриваем существование длинных волн в капиталистической экономике только
как одну из возможностей". Более полный анализ длинных волн был представлен в
работе "Большие экономические циклы" впервые опубликованной в 1925 г.. В ней
Кондратьев исследовал как ценовые, так и производственные тенденции, и пришел к
выводу, что существование длинных волн "по крайней мере, очень вероятно". Это
была чисто описательная работа, она не содержала ни какой теории, объясняющей
длинные волны. Объяснение длинным циклам было дано в статье, представленной в
Московском Институте Экономики в 1926 г. и опубликованной в 1928 г.. Объяснение
было дано в терминах циклов реинвестирования в капитальные блага с длительным
сроком службы. В 1928 году Кондратьев был смещен с занимаемой им должности
директора Конъюнктурного института, вскоре после этого официальная оценка его
теории была отражена в Большой Советской Энциклопедии всего лишь одним
предложением - "Эта теория является неверной и реакционной". Такое заключение
было довольно поспешным и опрометчивым, жаркие споры вокруг идей Кондратьева не
утихают и по сей день.